Stefański po zakończeniu kariery zawodniczej krótko był dyrektorem w Treflu, odpowiedzialnym za młodzież i współpracę z mediami. W marcu 2019 r. zastąpił jednak na stanowisku pierwszego trenera Fina Jukkę Toijalę. Prowadzony przez niego zespół wygrał z MKS Dąbrowa Górnicza, Polpharmą Starogard Gdański oraz AZS Koszalin - tym samym osiągnął cel, jakim było utrzymanie w Energa Basket Lidze.
Przed sezonem 2019/20 Marcin Stefański dostał szansę budowy autorskiego składu Trefla. Zespół z Sopotu w przerwanym przez epidemię koronawirusa sezonie Energa Basket Ligi zajął ostatecznie 6. miejsce. Wziął również udział w turnieju finałowym Suzuki Pucharu Polski.
- Przedłużenie współpracy z Treflem Sopot to dla mnie szczególny moment. Klub od lat ma specjalne miejsce w moim sercu. Wyzwanie, jakim było poprowadzenie pierwszego zespołu w czasie okresu przygotowawczego i całych rozgrywek, było czymś ekscytującym. Z pewnością kilka spotkań z tego sezonu na długo pozostaną w mojej pamięci. Teraz przede mną kolejny cel i ponownie czuję duży entuzjazm. Spróbuję stworzyć drużynę, która w każdym meczu, przez pełne 40 minut, będzie walczyła dla żółto-czarnych barw i da wiele radości naszym kibicom - podkreśla na oficjalnej stronie drużyny Marcin Stefański.
Marcin Stefański pozostanie trenerem @treflsopot❗ #EnergaBasketLiga #PLKPL@EnergaSA @totalizator_sp @Suzuki pic.twitter.com/FeYLAr1sx4
— Energa Basket Liga (@PLKpl) May 28, 2020