W rundzie ćwierćfinałowej zagra osiem drużyn: siedem najlepszych zespołów pierwszego etapu rozgrywek Tauron Basket Ligi (po 26 kolejkach) oraz mistrz Polski, Asseco Prokom Gdynia. O rozkładzie par ćwierćfinału, gospodarzach meczów i drabince rywalizacji do finału zdecyduje losowanie, które odbędzie się w biurze PLK w Warszawie 13 lutego 2012 r. (poniedziałek) o godz. 10. Zespoły nie będą rozstawione, a każda para 15 lutego rozegra po jednym meczu.
Zwycięzcy poszczególnych ćwierćfinałów awansują do turnieju finałowego - ten zostanie rozegrany w systemie Final Four. 18 lutego 2012 r. odbędą się obydwa półfinały, a dzień później finał Pucharu Polski.
W rozgrywkach Pucharu Polski będą obowiązywać wszystkie regulacje wynikające z Regulaminu Rozgrywek PLK oraz innych regulacji PLK na sezon 2011/2012, w formie takiej jak przy meczach Tauron Basket Ligi.
Drużyna zwycięska otrzyma pamiątkowy puchar i tytuł Zdobywca Pucharu Polski w sezonie 2011/2012.