Jako pierwsi awans do półfinału zapewnili sobie koszykarze z Włocławka, którzy mimo osłabienia brakiem Ignerskiego, Hajricia, Swansona i Scotta pokonali AZS Gaz Ziemny Koszalin 108:97. Świetną partię rozegrał Wiktor Grudziński, który zdobył 28 punktów i miał 8 zbiórek. Mecz miał bardzo wyrównany przebieg i widać było, że żadna z drużyn łatwo się nie podda. Przez większą część spotkania bezpieczną kilkupunktową przewagę mieli włocławianie, którzy prowadzeni przez duet Ed Scott – Pete Lisicky zaprezentowali bardzo zespołową koszykówkę, zaliczając wspólnie 16 asyst. W końcówce zabrakło jednak wsparcia na tablicach w postaci Garnetta Thompsona i rzutów za trzy Sebastiana Balcerzaka, którzy opuścili boisko za pięć przewinień, oraz chorego Milosa Sporara. Jednak ambitna i szybka gra koszalinian pozwoliła zniwelować przewagę wicemistrzów Polski i na pięć minut przed końcem spotkania na tablicy wyników był remis 85:85. Ostatecznie to jednak Anwil zasłużenie wygrał 108:97 i awansował do półfinałów.
Do ostatnich minut walczyli koszykarze Polonii o zwycięstwo w Grudziądzu. Jednak Prokom miał Christiana Dalmau, który tak jak w ostatnim ligowym meczu z Czarnymi w ciągu kilkunastu sekund trafił dwie trójki i przesądził o zwycięstwie sopocian 87:79. Warszawianie zagrali z Prokomem tak, jak lubią najbardziej – szybkie trójkowe akcje Karwowskiego, Taylora i Koszarka często przynosiły stołecznym koszykarzom pożytek. Jednak Prokom miał zdecydowanie więcej atutów – trener Kijewski odważnie sięgał po rezerwowych i widać było, że bardzo chce ten mecz wygrać. – Czy to początek marszu po podwójna koronę? – pytał na pomeczowej konferencji trenera sopocian jeden z dziennikarzy. – Tak, oczywiście że tak. – mówił Kijewski, który nie był jednak zadowolony z gry swojego zespołu. – Wydaje mi się, że o naszej porażce przesądziła słabsza skuteczność rzutów za trzy – mówił po meczu obrońca Czarnych Koszul Jacek Sulowski. Faktycznie, warszawianie mieli ogromne problemy z rzutami z dystansu. Z jednym wyjątkiem – Leszek Karwowski trafił cztery razy na osiem prób i był najlepszym graczem warszawskiego zespołu. – Może dlatego, że jutro mam dziesiątą rocznicę ślubu – mówił po meczu skrzydłowy Polonii. Piętnaście punktów dla zespołu z Warszawy zdobył testowany Ricky Shields. Amerykanin zagrał solidnie, kilka razy błysnął w ofensywie, ale też kilka razy dał się minąć w obronie. Czy Shields zostanie w Warszawie do końca sezonu? – Decyzja będzie wkrótce – mówił tajemniczo po meczu trener Polonii.
Zbigniew Marculewicz grając na stuprocentowej skuteczności, zdobył 17 punktów i poprowadził Polpharmę do zwycięstwa w drugim ćwierćfinałowym meczu Pucharu Polski. Po wyrównanym spotkaniu gospodarze pokonali Erę Śląsk Wrocław 70:62 i awansowali do półfinału. Wrocławianie zagrali z Randym Orrem i Ronaldem Johnsonem, ale bez Kevina Fletchera. Mecz rozpoczął się od mocnego uderzenia gospodarzy, którzy po drugiej trójce z rzędu Jerrego Johnsona prowadzili 11:0. Amerykański rozgrywający Polpharmy w krótkim czasie dorzucił jeszcze dwie i po pierwszej kwarcie gospodarze wygrywali 21:13. Jednak to nie filigranowy rozgrywający, a Zbigniew Marculewicz, który wyszedł w tym spotkaniu w pierwszej piątce, był bohaterem tego meczu. Takiego gracza zabrakło w ekipie gości, którzy oprócz ambitnie grających Ante Kapova i Denisa Korszuka nie mieli zbyt dużo atutów, aby przeciwstawić się swoim dzisiejszym rywalom. Niestety ani Ronald Johnson, ani Randy Orr nie wnieśli do gry Śląska tyle, by pozwoliło to im awansować dalej.
Fantastyczna akcja solowa Krzysztofa Szubargi w ostatnich sekundach dogrywki dała Polpakowi zwycięstwo 75:73 i awans do półfinału. Turów walczył dzielnie, ale w decydującej akcji nie był w stanie zatrzymać rozgrywającego gospodarzy. Gospodarze zaczęli od prowadzenia 9:1 i wtedy trener Wojciech Kamiński zdecydował się zmienić obronę na strefową. I to było świetne rozwiązanie – Polpak zupełnie nie radził sobie w ataku i ograniczył się niemal wyłącznie do rzutów z dystansu. Jako jedyny pod kosz starał się przebijać Steve Thomas, ale kilka razy piłka po jego rzutach wykręciła się z kosza. Jednak zryw gospodarzy w czwartej kwarcie był niesamowity. Na boisko wszedł nawet kontuzjowany Żygimantas Jonusas, który miał nie grać. A trójki w końcu zaczęły wpadać. To Litwin rozpoczął serię, trafiając za trzy na trzy minuty przed końcem meczu. Potem stalowe nerwy zachowali Krzysztof Szubarga i Paweł Szcześniak, a otatnie sekundy to już prawdziwy dreszczowiec. Na tablicy był remis, do końca było trzydzieści sekund i piłkę mieli gospodarze. Spudłowali, ale Ernest Brown, który zebrał piłkę, źle rzucił ją w kierunku rozgrywających i był aut. Polpak miał więc kolejną szanse, ale ani Dawid Przybyszewski, ani Krzysztof Szubarga nie dali rady trafić do kosza. W dogrywce głowami zderzyli się Andrzej Pluta i Paweł Szcześniak – obrońca Polpaku zalał się krwią i nie wrócił już na boisko, Pluta pojawił się jeszcze na ostatnie sekundy. Turów odrobił straty, bo grał konsekwentnie do Browna. Przy stanie 73:70 dla gospodarzy Brown rzucał dwa osobowe. Trafił pierwszego, a po drugim goście zebrali piłkę, a punkty zdobył Mollinari. Do końca było kilkanaście sekund, a piłkę miał Szubarga. Długo kozłował, a na dwie sekundy przed końcem wszedł pod kosz i rzucił z odchylenia, z bardzo trudnej pozycji. Piłka długo tańczyła na obręczy, ale wpadła, a cała sala eksplodowała z radości.