W I rundzie rozgrywek zagrają:
Kotwica Kołobrzeg – AZS Koszalin
Jezioro Tarnobrzeg – Polpharma Starogard Gdański
Anwil Włocławek – Start Gdynia
Energa Czarni Słupsk – Rosa Radom
Rozstawienie II rundy rozgrywek:
Kotwica/AZS – Jezioro/Polpharma
Anwil/Start – Energa Czarni/Rosa
Na pierwszym miejscu podano gospodarzy pierwszych spotkań. Zarówno I, jak i II runda rozgrywane są systemem mecz i rewanż, po których przegrywający odpada z turnieju. W dwumeczu liczy się suma zdobytych punktów – w przypadku remisu w pierwszym spotkaniu nie będzie rozgrywana dogrywka.
W rozgrywkach fazy wstępnej bierze udział osiem drużyn Tauron Basket Ligi, które nie biorą udziału w rozgrywkach europejskich. Rozegrają dwie rundy systemem mecz i rewanż.
Terminy meczów fazy wstępnej:
I runda: 7-8 (środa-czwartek) i 14-15 listopada (środa-czwartek)
II runda: 5-6 (środa-czwartek) i 12-13 grudnia (środa-czwartek)
Dwie najlepsze drużyny fazy wstępnej Intermarché Basket Cup awansują do fazy centralnej, w której udział wezmą także ekipy wyłonione w rozgrywkach na szczeblu PZKosz oraz uczestnicy rozgrywek europejskich.
Finałowy turniej z udziałem czterech zespołów zostanie rozegrany w dniach 9-10 lutego 2013 roku. Gospodarz zostanie wyłoniony w grudniu.