Rozgrywający w trakcie swojej kariery występował już w zespołach z Warszawy, Włocławka, Starogardu Gdańskiego, Tarnobrzega i Torunia. Obecne rozgrywki rozpoczął w King Wilkach Morskich Szczecin, gdzie zdobywał średnio 3,7 punktu i 2,1 asysty na mecz.
Marcin Nowakowski podpisał umowę z AZS do końca sezonu 2016/2017 Tauron Basket Ligi.