Zollner karierę trenerską zaczynał od regionalnych lig niemieckich, pracował również w wydziale szkolenia FIBA Europe oraz w reprezentacji Niemiec, gdzie był asystentem Svetislava Pesicia. Następnie z zespołem UBC Güssing Knights dwukrotnie zdobywał mistrzostwo Austrii (w 2014 i 2015 roku). W 2017 roku został szkoleniowcem reprezentacji Austrii - prowadził tę drużynę w meczach kwalifikacyjnych do mistrzostw świata. Na początku sezonu 2018/2019 był trenerem ekipy Sigal Prisztina w Kosowie.
Ostatnio pracował na Węgrzech - z zespołem Egis Kormend dwukrotnie sięgał po wicemistrzostwo kraju, rywalizował również w Alpe Adria Cup (m. in. przeciwko GTK) oraz FIBA Europe Cup (gdzie spotykał się z Legią Warszawa).