Budzinauskas pracował w Polpharmie od listopada 2012 roku do listopada 2013 roku. W pierwszym sezonie przejął drużynę po trenerze Wojciechu Kamińskim i awansował do fazy play-off.
Kolejne rozgrywki nie były już jednak tak udane. Zespół ze Starogardu Gdańskiego sezon 2013/2014 rozpoczął od bilansu 1-7 i Litwina zastąpił Tomasz Jankowski.
W poprzednim sezonie Mindaugas Budzinauskas był trenerem litewskiej ekipy Lietkabelis Poniewież.