Rozgrywający po raz pierwszy w koszykarskiej ekstraklasie pojawił się w sezonie 2008/2009 w barwach Polonii Warszawa. W tym klubie grał przez trzy sezony. Następnie przeniósł się do Anwilu Włocławek, ale zagrał tam tylko w 11 spotkaniach.
Kolejnym klubem w karierze Marcina Nowakowskiego była Polpharma Starogard Gdański. W ostatnim sezonie rozgrywający zdobywał średnio 6,2 punktu oraz 2,3 asysty na mecz.